CNKI查重系统的高级功能主要包括：1.智能排除引文功能，能够排除引文和参考文献的干扰，提高查重结果的准确性。2.多语言检测功能，支持多种语言的查重，满足不同用户的需求。3.相似度设置功能，可以根据需求自定义相似度阈值，灵活控制查重结果的严格程度。4.大文件支持功能，能够处理大容量的文档，提高查重效率。5.查重报告定制功能，可以根据需求自定义查重报告的格式和内容，满足个性化需求。

另外，CNKI查重系统还提供了查重历史记录功能，方便用户查看之前的查重记录，进行比对和分析。同时，系统还具备智能提示功能，可以根据用户输入的关键词提供相关的查重建议，提高用户的使用体验。