CNKI查重系统的安全性评估方法包括：1.系统漏洞扫描，2.安全配置审查，3.权限管理评估，4.数据加密检测等。在进行评估时，需特别注意系统的实时性、准确性和数据保护等方面。

为确保CNKI查重系统的安全性，评估过程中应重点关注系统的漏洞和配置审查，同时加强对权限管理和数据加密的检测。此外，及时更新系统补丁和加强对外部攻击的防范是评估的关键。